Adv Sci｜刘芝华课题组利用第三代测序发现空间转录本可揭示肿瘤转移的机制

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食管鳞癌是一种侵袭性强、预后差的癌症类型并且化疗耐药和转移问题依然严重影响治疗效果。目前已经有研究证明了可变剪切对耐药性的影响，并且可变剪切调节可能影响剪切本的比例或新剪切本的出现。然而，在空间角度下探索可变剪切在耐药中的作用尚未见报道。并且传统研究方案是基于短读长测序，这使得以往的研究无法量化可变剪切事件。 近日， 中国医学科学院 刘芝华 教授课题组在 Advanced Science 杂志发表了题为 Spatial Isoforms Reveal the Mechanisms of Metastasis 的文章。 通过结合能够实现长读长测序的ONT测序和10X的Visium空间转录测序平台搭建了空间转录本测序 （SiT） 平台，使用此平台我们可以检测和量化剪切变体的空间表达 。通过获取治疗靶点剪切变异体的空间分布，我们可以将研究分辨率从“一个基因一个表型”提高到“一个剪切本一个 ………………………………