FoldMason: 以工匠精神打磨蛋白质结构比对新工具

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加 星标 ，再也不怕错过更新！方法见文末动图。 01 背景 在生物信息学中，蛋白质结构的比对是理解蛋白质功能、进化历史以及它们之间关系的关键步骤。尽管蛋白质的氨基酸序列在不同物种中可能发生较大的变化，但其三维结构往往更加保守。这种结构的保守性使得我们能够通过比对蛋白质结构来揭示它们之间的远亲关系，即使这些蛋白质在序列上已经显著分化。 传统上，蛋白质的比对方法主要基于序列信息，这在处理相近或中度相似的序列时效果良好 （例如常用的BLAST工具） 。然而，当序列相似度降到所谓的“暮光区” (twilight zone) 以下时，单靠序列比对已难以准确地揭示蛋白质间的关系。这种情况下，结构比对成为了一种更为有效的手段。通过比对蛋白质的三维结构，我们可以更准确地识别那些尽管序列上差异显著，但在结构和功能上仍 ………………………………