一篇SCI文章教会你微生物联合肿瘤怎么分析

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今天给大家分享一篇关于口腔微生物和口腔鳞癌关系的文章，文章于今年4月8日发表于 NPJ Biofilms Microbiomes（IF：9.2，Q1）. 摘要 文章通过整合的分析揭示了口腔微生物群失调与口腔鳞状细胞癌（OSCC）中宿主遗传和表观遗传异常之间的关联： 同时对OSCC患者的肿瘤及其邻近正常组织的黏膜细菌群落、宿主全基因组转录组和DNA CpG甲基化进行剖析。在OSCC肿瘤微环境中，观察到七种细菌种类相对丰度显著增加。这些肿瘤富集的细菌与206个上调的宿主基因形成了254个正相关，主要涉及与细胞粘附、迁移和增殖相关的信号通路。通过对细菌-转录组和细菌-甲基化相关性的综合分析，识别出至少20个与细菌病原体富集相关的宿主基因，这些基因的启动子区域存在相反的CpG甲基化，暗示了致病细菌可能通过表观遗传改变部分调节基因表达。体外模型进一步证实，具核 ………………………………