专栏名称: 生信分析手册
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5+单细胞+免疫治疗,如何做生信思路?看这篇就够了,请自行查阅!!

生信分析手册  · 公众号  ·  · 2024-06-06 16:33

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“ Exploring NK‐Cell molecules that impact the immune response and microenvironment in head and neck squamous cell carcinoma ”,这篇文章发表在 J Cell Mol Med 期刊上,影响因子为5.3。 结果: NK细胞标记基因的鉴定 作者研究的整个流程图在图S1中显示。图1A的热图用于可视化每个患者中通过CIBERSORT、EPIC、MCPCOUNTER、QUANTISEQ、TIMER和XCELL算法量化的NK细胞水平的整体分布。根据作者的数据,作者发现EPIC、QUANTISEQ和XCELL算法中NK细胞丰度相对较高(图1B)。差异表达分析显示肿瘤样本和正常样本之间的NK细胞丰度存在显著差异(图1C)。根据韦恩图,作者确定了这三个算法中的五个常见上调基因(图1D)和三个常见下调基因(图1E)。 这些基因与NK细胞标记基因的确定之间的关系 作者首先使用Pearson相关分析检查了HNSCC样本中基因之间的成对相关性 ………………………………

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