专栏名称: 生信媛
生信媛,从1人分享,到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程,持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。
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linux shell tricks for bioinformatics系列文章之二

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2020-03-20 10:16
    

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上一次写了一个《Linux tricks for bioinformatics系列文章之一》,有读者从后台给我留言指出了一些欠缺的地方,非常感谢这些认真的读者。如果读者想熟悉这些命令,建议将命令手动操作一遍,从管道符的左边到右边依次输入,观察输出,细细体会每一个操作的作用。只有灵活运用这些招式,才能打出一套漂亮的组合拳,将你的数据打得服服帖帖,看到那只向你瞪眼的企鹅了吗?等你来挑战呢。 1. 将fastq格式文件转化为fasta序列文件。在上个礼拜我提供了一种解法,但是后来有小伙伴在后台私信我,在使用的过程当中遇到了一些问题。因为fasta文件的质量行,也有可能是以@开头。当碰到这样的情况的时候,下面的方法就会带来问题。在深表歉意的同时,贡献 ………………………………

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