starTracer—单细胞 RNA 测序分析中精确识别标记基因的加速方法

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单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 是一种强大的工具，可帮助研究人员深入研究组织内细胞的多样性。此过程的一个关键部分是识别“标记基因”，这些基因是帮助区分不同细胞类型并告诉我们细胞当前状态的特定基因。 传统上，研究人员依靠 Seurat 和 Monocle 等软件来识别这些标记基因。这些方法在处理大型数据集时，低效率会减慢流程，有时还会导致错误的结果。 武汉大学研究人员开发的新工具 starTracer——提高了单细胞 RNA 测序分析中标记基因识别的速度和准确性。starTracer 不再采用逐个比较细胞簇的传统方法，而是使用更高效的算法从一开始就优先考虑最重要的基因。 图【2】：A 单细胞测序的表达矩阵和注释矩阵的结构。 B starTracer 提供 2 个选项：从头“searchMarker”和联合“filterMarker”。 “searchMarker”需要来自单细胞实验或 Seurat 对象的细胞注释矩阵 ………………………………