Nat. Commun.│CRISPR驱动的DNA数据存储中的定量关键词搜索引擎

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摘要 ： 尽管人们对将信息存档在合成 DNA 中以应对数据爆炸的兴趣日益增长，但定量查询存储在 DNA 中的信息仍然是一个挑战。在这里，作者介绍了一种名为酶促关键词识别搜索（ SEEKER ）的技术，它利用 CRISPR-Cas12a 在存在与感兴趣关键词相对应的 DNA 靶标时快速产生可见荧光。由于荧光强度的增长率（信号值）与关键词频率（靶标浓度）成正比， SEEKER 实现了定量文本搜索。与 SEEKER 兼容，作者开发了非冲突分组编码，这减少了字典的大小，并在不破坏文本原始顺序的情况下实现了无损压缩。使用四个查询，作者能够在包含约 8000 个不相关术语的背景中的 40 个文件中正确识别关键词。 SEEKER 的并行搜索可以在 3D 打印的微流控芯片上进行。总体而言， SEEKER 提供了一种定量方法，可以对存储在 DNA 中的完整内容进行并行搜索，且具有简单的实现方式和 ………………………………