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生物信息富集分析的集成分析与可视化(一)

灵活胖子的科研进步之路  · 公众号  ·  · 2024-09-16 18:03

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内容介绍 教程首页 教程地址:https://github.com/Zaoqu-Liu/BioEnricher 教程正文 生物信息富集分析器的分析与可视化集成 BioEnricher 的作用在于解决两个问题: 首先,它促进了富集分析的无缝整合,涵盖了诸如 GO、KEGG、WikiPathways、Reactome、MsigDB、疾病本体论、癌症基因网络、DisGeNET、CellMarker 和 CMAP(药物)等多种功能;推断转录因子的活动以及 PROGENy 癌症通路;根据输入的术语搜索基因信息、PubMed 记录和 GEO 元数据。 其次,它封装了高级可视化功能,简化了流程,以便更快、更方便地进行数据展示。 安装 您可以从Github安装正式版本的BioEnrich packages "broom",  "clusterProfiler" ,  "dorothea" ,  "DOSE" ,  "dplyr" ,  "enrichplot" ,                "europepmc" ,  "ggplot2" ,  "GSVA" ,  "HGNChelper" ,  "Hmisc" ,  "httr" ,  "jsonlite" ,                "magrittr" ,  "msigdbr" ,  "openssl" ………………………………

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