文章预览
内容介绍 教程首页 教程地址:https://github.com/Zaoqu-Liu/BioEnricher 教程正文 生物信息富集分析器的分析与可视化集成 BioEnricher 的作用在于解决两个问题: 首先,它促进了富集分析的无缝整合,涵盖了诸如 GO、KEGG、WikiPathways、Reactome、MsigDB、疾病本体论、癌症基因网络、DisGeNET、CellMarker 和 CMAP(药物)等多种功能;推断转录因子的活动以及 PROGENy 癌症通路;根据输入的术语搜索基因信息、PubMed 记录和 GEO 元数据。 其次,它封装了高级可视化功能,简化了流程,以便更快、更方便地进行数据展示。 安装 您可以从Github安装正式版本的BioEnrich packages "broom", "clusterProfiler" , "dorothea" , "DOSE" , "dplyr" , "enrichplot" , "europepmc" , "ggplot2" , "GSVA" , "HGNChelper" , "Hmisc" , "httr" , "jsonlite" , "magrittr" , "msigdbr" , "openssl"
………………………………