基于VlnPlot参数及ggplot2美化小提琴图

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前情提要 上期的推文 VlnPlot结果及常用参数浅析 整理介绍了一下小提琴图可视化marker基因，在结尾简单介绍了一下 可用于美化可视化结果的参数。 这期我们就一起来 使用一下这些参数，绘制更好看的小提琴图叭！ 分析数据简介 因为分析中需要用到分组信息，而pbmc3k的数据集是单个样品，没有包含分组信息。所以 这期的示例数据换为 ifnb.SeuratData 的数据集 ifnb.SeuratData数据降维聚类分群的内容见推文—— ifnb数据集分析及注释对比 最后的 手动分群情况 ： 获取top3的Marker基因： markers  top3 = markers %>% group_by(cluster) %>% top_n(n = 3, wt = avg_log2FC) g2 = unique(top3 $gene ) 基于VlnPlot参数美化小提琴图 1. 直接可视化 VlnPlot(sce.all.int, features = g2[1:6]) 如果直接使用VlnPlot可视化，不设置参数，会得到每个基因单独展示的结果，不太易读 。 如果想将marker一起展 ………………………………