专栏名称: 生信分析手册
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4+WGCNA+单细胞+实验,经典的发文硬套路,可借鉴

生信分析手册  · 公众号  ·  · 2024-09-10 18:07

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“ Identification of two key biomarkers CD93 and FGL2 associated with survival of acute myeloid leukaemia by weighted gene co‐expression network analysis ”,这篇文章发表在 J Cell Mol Med 期刊上,影响因子为4.3。 结果: 健康对照组和 AML 患者之间的 DEG 筛查 如表 S1 所示,该研究包括 50 名健康对照和 100 名 AML 患者。健康对照组和AML患者的中位年龄分别为54.82岁和53.65岁。通过比较各组基因表达,得到1581个DEGs(p < 0.05 和 |log2FC|≥1),其中1096个基因上调,485个基因下调。 WGCNA鉴定与AML相关的关键模块和枢纽基因 为了鉴定与AML相关的关键模块和枢纽基因,作者利用上述DEGs进行了WGCNA。为了确保网络的无标度,作者选择了 5 的幂和无标度的 R 2= 0.76作为软阈值参数。然后,作者比较了DEGs的相关性,将共表达的基因聚类到模块中。所有生成的模块都 ………………………………

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