专栏名称: 生信分析手册
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4+线粒体自噬+分型+机器学习+实验验证,带领小白玩转生信经典套路,没有思路的同学可参考!!

生信分析手册  · 公众号  ·  · 2024-07-04 18:00

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“ Identification of Biomarkers, Pathways, Immune Properties of Mitophagy Genes, and Prediction Models for Intervertebral Disc Degeneration”,这篇文章发表在 J Inflamm Res 期刊上,影响因子为4.2。 结果: 数据预处理和线粒体自噬相关基因的鉴定 批量移除组合之前和之后的箱线图图GSE124272和GSE150408绘制数据集(图1A和和 B)B)并执行PCA(图 1C和和 D)。D).从结果可以看出,批量去除后IDD数据集中样品的批量效应基本消除。共获得34,729 DEGs,其中3822 DEGs在火山图中> 0 和 p < 0.05 (图 1E),包括 1940 个下调基因和 1882 个上调基因。作者得到了 14 个 MRDEG(ATG5、ATG7、OPTN、PHB2、RPS27A、SLC25A4、SQSTM1、ULK1、TOMM5、TOMM20、BNIP3、ABCE1、LRBA、USP15)(图1F).之后,作者分析了MRDEGs并绘制了热图(图1G)和组比较图(图1H),其中12个MRDEGs表现出显著差异。MRDEGs主 ………………………………

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