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胃癌单细胞数据集GSE163558复现(一):数据下载、整理与读取

生信技能树  · 公众号  ·  · 2024-06-11 23:33
    

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分享是一种态度 前言 Hello小伙伴们大家好,我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。接下来的一段时间里,将由我开启一个新的学徒分享系列,给大家系统整理单细胞测序的代码。此系列包括但不限于以下内容: 数据下载与读取;质控和去批次;降维聚类;分群注释;差异分析;富集分析;拟时序分析;细胞通讯;CopyKAT 。 基本囊括了单细胞测序常规分析的所有方法,特别适合新手及入门者系统学习。因此,欢迎大家持续追更,关注公众号,点赞+评论+收藏+在看,您的鼓励将是我更新的动力,提前谢谢大家。 1.文献简介 本系列复现的文献题目为“Revealing the transcriptional heterogeneity of organ-specific metastasis in human gastric cancer using single-cell RNA Sequencing”。通讯作者是浙江大学的范骁辉教授,于2022年发表在Clin Transl Med杂志(IF=10.6)。 摘要: 目的: ………………………………

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