转录组差异分析代码（3）可视化

文章预览

学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 本篇学习转录组差异分析的代码，以TCGA的CHOL疾病为例。用较为基础的代码学习，以便理解。后续再学习更流畅的方法 差异分析结果的可视化 1.count count只能拿来做差异分析，不要拿来做其他分析，即不能直接拿来画图或者做生存分析等等，因为直接拿count来比较是不公平的 打个比方，吃一顿饭花20块钱，这顿饭是贵是便宜呢？得看我月工资，我月收入1w那相对便宜，我月收入2k那相对就贵 2.tpm和cpm tpm和cpm是可以拿来做其他分析和画图的，相当于用“占比”作比较。对于基因M而言，在A中数值是10显然大于B中的数值1；但论比例的话，M在A和B中都占比10%，cpm这就把count这个不平衡的因素消除了，即去除了文库大小的影响 文库大小：表达矩阵的一整列count值求和得到的总数 图3 library(ggplot2) library(tinyarray) exp[1:4,1: ………………………………