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单细胞测序拟时序生信分析,怎么选择起始点?——看看他们怎么选的

生信钱同学  · 公众号  ·  · 2024-10-17 07:00

主要观点总结

这篇文章探讨了肿瘤进展中的上皮-间充质转化过程对肿瘤细胞塑性和肿瘤异质性的重要性。研究通过细胞系、胚胎神经嵴和小鼠模型揭示了两种EMT路径,并发现SNAIL1和PRRX1在这两种路径中起关键作用。研究还发现EMT在推动肿瘤细胞的侵袭和转移以及控制炎症过程中都发挥着重要作用。此外,文章还强调了空间组学在单细胞测序和生信分析中的重要性。

关键观点总结

关键观点1: 文章重点探讨了上皮-间充质转化过程在肿瘤进展中的重要性。

研究结合了细胞系、胚胎神经嵴和小鼠模型,揭示了两种不同的EMT路径,包括类似胚胎发育中的侵袭路径和类似成人组织中的炎症路径。

关键观点2: 文章探讨了SNAIL1和PRRX1在EMT过程中的关键作用。

SNAIL1驱动了两条EMT路径的激活,而PRRX1推动了侵袭性EMT的进展。研究发现,当PRRX1被删除时,肿瘤细胞的转移能力减弱,同时炎症反应增强。

关键观点3: 文章揭示了EMT在控制肿瘤细胞的侵袭和转移以及炎症过程中的双重作用。

这一发现为未来开发靶向EMT特定通路的抗肿瘤疗法提供了新的视角,例如通过特异性抑制侵袭性EMT,可以避免肿瘤转移的发生,同时增强肿瘤的免疫反应。

关键观点4: 文章强调了空间组学在单细胞测序和生信分析中的重要性。

提到了单细胞测序、生信分析和生物信息学等关键词,表明空间组学是这一领域的重要研究方向。


文章预览

咱们做拟时序分析的时候总要先选择起始细胞,这个细胞群的选择一般是根据样本发育时间(有取样时间啥的),要么就是根据先验知识,一些 marker去确定。大部分都是选用一个 cluster作为起始细胞群。 今天看到这篇文章是根据表达某个基因最高的 一个细胞 ,作为根细胞。 可以学习下 这篇文章重点探讨了在肿瘤进展中的上皮-间充质转化过程对肿瘤细胞塑性和肿瘤异质性的重要性。研究结合了细胞系、胚胎神经嵴和小鼠模型,揭示了两种不同的EMT路径:一种类似胚胎发育中的侵袭路径,另一种类似成人组织中的炎症路径。 通过对乳腺癌细胞系和小鼠肾纤维化模型的研究,作者发现, 这两种EMT程序具有可塑性和相互依赖性。具体而言,SNAIL1作为先导因子,驱动了两条EMT路径的激活;而PRRX1则推动了侵袭性EMT的进展。研究发现,当PRRX1被删除时,肿 ………………………………

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