Nat. Comput. Sci. | Bruno Correia团队提出等变扩散模型DiffSBDD

文章预览

DRUG AI 今天为大家介绍的是来自瑞士洛桑联邦理工学院（EPFL），英国剑桥大学，美国康奈尔大学团队合作的一篇论文。基于结构的药物设计(Structure-based drug design，SBDD)旨在设计能够与预定蛋白质靶点高亲和力和高特异性结合的小分子配体。生成式SBDD方法利用药物与其蛋白质靶点的结构数据来提出新的药物候选物。然而，现有的大多数方法要么仅专注于从头设计化合物，要么采用特定任务模型解决其他药物开发挑战。后者需要对合适的数据集进行筛选整理，对模型进行精心设计，并且每个任务都需要重新训练。在此，作者展示了如何将单个预训练扩散模型应用于更广泛的问题，如现成的性质优化、显式负向设计和使用修复技术的部分分子设计。作者将SBDD构建为一个三维条件生成问题，并提出了DiffSBDD，这是一个基于蛋白质口袋生成新型配体的SE(3)-等 ………………………………