GWAS的曼哈顿图和QQ图diamante

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大家好，我是邓飞，对于GWAS分析结果，第一个要看的是曼哈顿图，看看有没有显著性的点，没有显著性的点，项目白做了！第二个要看的是QQ图，比较翘就非常理想。下面介绍一下常用的可视化方法，包括：qqman和cmplot两个包。 相关软件，比如 gapit ， rMVP ，都会自动出图，而 GEMMA ， GCTA 则是需要后期自己作图。 无论是软件自动出图，还是需要自己作图，学习根据GWAS结果手动作图都是必须的。 我们一般使用 qqman 作图和 cmplot 两个包画GWAS的QQ图和曼哈顿图，后者颜色更漂亮。 这篇博客，介绍一下这两个包如何画GWAS的结果可视化图。 第一个是 qqman ， 因为这个软件函数很方便。 「安装qqman软件」 # Install the stable release from CRAn install.packages( "qqman" ) # 直接从Github上安装 devtools::install_github( "stephenturner/qqman" ) # 从Github上安装最新的开发版 devtools::insta ………………………………