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Cell:樊荣团队开发全球首个临床级FFPE样本空间全转录组测序技术

生物岛  · 公众号  ·  · 2024-09-30 23:36
    

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北京时间2024年9月30日晚,美国耶鲁大学 樊荣 团队的 白志亮 博士等在 Cell 杂志上发表了题为“Spatially exploring RNA biology in archival formalin-fixed paraffin-embedded tissues”的论文,报道了全球首个临床级FFPE样本空间全转录组测序技术——Patho-DBiT。 该平台巧妙地利用FFPE样本中自然发生的RNA片段化,向广泛多样的RNA分子原位添加poly(A)尾,结合微流控条形码标记和算法创新,成功实现了对临床存档FFPE组织的全覆盖、逐碱基的空间全转录组测序。 Patho-DBiT通过对完整mRNA、缺失poly(A)尾的片段化mRNA、各类大/小非编码RNA、剪接异构体以及携带单核苷酸变异(SNV)的前体RNA进行空间条形码标记,精确解码了FFPE复杂组织中丰富的RNA生物学信息,包括单细胞级mRNA图谱、非编码RNA表达、可变剪接、遗传变异、microRNA调控及RNA动态变化等(图1)。 图1. Patho-DBiT技术流程及全场 ………………………………

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