单细胞转录组代码（4）找marker基因、根据marker基因确定细胞、聚类分群图

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学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 本文学习单细胞转录组分析过程中找marker基因、根据marker基因确定细胞、只标定特定细胞群的聚类分群图 六、找marker基因 marker基因和差异基因里面的上调基因有点类似：某个基因在某一簇细胞里表达量都很高（或低），在其他簇表达量很低（或高），那么这个基因就是这簇细胞的象征 1.找全部cluster的marker基因 下面这行代码运行也很耗时，尤其是细胞数量多的时候，最好设置“存在即跳过”这个选项，得到了2889个，两千多个已经需要等十秒多了 pbmc.markers                                only.pos = TRUE,   # 只返回positive基因                                min.pct = 0.25) 图29 我们点开来看一下，如图30，会发现一个问题：例如ABI3、ABI31、ABI32这三个行名对应的gene列的内容都是AB ………………………………