单细胞免疫组库VDJ|和Nature学STARTRAC，定量T细胞动态变化

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STARTRAC是发表于2018年的NATRUE 文章（ Lineage tracking reveals dynamic relationships of T cells in colorectal cancer ）中的分析方法，可以应用于单细胞免疫组库数据来 揭示T细胞动态变化 的分析。原理假设认为克隆型一致的细胞来源一致，可以 定量刻画 T细胞的组织分布、克隆扩增、组织迁移和状态变化等。 上图中不同颜色的圆球代表不同的T细胞类型，圆球上不同颜色的“Y”代表了不同的TCR克隆型，右边给出了简单的算法。 其中 expansion指 不同T细胞在某个 细胞分群 中的 克隆程度； migration 指 相同克隆型的T细胞 在 不同组织 间的 扩散程度 ； transition指 相同克隆型的T细胞在 不同细胞类型 之间的 共享程度 。 简单的了解一下原理以及指标的含义，实现的话就相对比较简单了。 一 准备R包，数据   首先github上加载R包和示例数据，然后将我们自己的数据整理成示例 ………………………………