每个样品五六万个细胞也没有问题吗

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之前分享过一个有意思的数据集，详见： 每个样品搞这么多细胞干什么啊（这样谁相信你的数据分析结论？） ，是10x技术的单细胞转录组，里面的绝大部分样品的细胞数量都是在1万附近，但是有极个别的样品是有4万左右的细胞数量，这个就很恐怖了！所以我做了一个简单的抽样： sce.all  # 26047 features across 528855 samples within 1 assay  sce.all sce.all = subset(sce.all,downsample= 10000 )  # 26047 features across 233585 samples within 1 assay  可以看到最开始的数据集是528855细胞数量，简单的抽样后就是233585个细胞啦！然后数据分析的结果就大体上正常一点了，但是仍然是没办法解决数据本身的产出的时候的质量问题，文章最后的结论是cancer-associated macrophage-like cells (CAMLs)，很明显的就是这个文章的作者们的实验特殊性导致的。 但是，交流群小伙伴看到了这个推 ………………………………