中科院营养所和植生所发布合成生物学元件与数据库RDBSB

主要观点总结

中国科学院上海营养与健康研究所研究员张国庆与分子植物科学卓越创新中心周志华研究组合作，构建了面向合成生物学设计的催化元件数据库RDBSB，并研发了PathFinder工具。该研究整合了各类数据库中的催化元件信息，并提供了在线查询平台。该数据库对于设计和优化生命系统至关重要，特别是为合成生物学途径设计提供丰富的可用资源。

关键观点总结

关键观点1: 构建了催化元件数据库RDBSB

该研究整合了各类数据库中的信息，构建了面向合成生物学设计的催化元件数据库RDBSB，为科研人员提供必要工具。

关键观点2: 研发了PathFinder工具

该工具可以根据底物和目标产物设计相应的合成途径，并能够完整复现如治疗药物和性信息素的人工合成途径设计过程。

关键观点3: RDBSB数据库的内容与功能

数据库包含大量的催化元件，如转移酶、水解酶和氧化还原酶，并提供了包括MapView、AlphaFold、PVQD和PathFinder等在内的在线元件和途径设计工具。用户可以在线搜索并查阅催化元件的详细定性和定量信息。

关键观点4: 研究的意义与支持

该研究工作对于设计和优化生命系统至关重要，将丰富合成生物学途径设计的可用资源。研究工作得到国家重点研发计划和中国科学院战略生物资源服务网络计划等的支持。

文章预览

10月3日，中国科学院上海营养与健康研究所研究员张国庆与分子植物科学卓越创新中心周志华研究组合作，在《核酸研究》（ Nucleic Acids Research ）上在线发表了题为 RDBSB: a database for catalytic bioparts with experimental evidence 的研究论文。该研究构建了面向合成生物学设计的催化元件数据库RDBSB，构建了催化元件在线查询平台（https://www.biosino.org/rdbsb），并研发了PathFinder工具。这一工具可以根据底物和目标产物设计相应的合成途径，并能够完整复现如晚期肝细胞癌的治疗药物淫羊藿素和棉铃虫性信息素的人工合成途径设计过程。 催化元件是设计、构建和优化特定代谢途径乃至生命系统的基础。可靠的、经过实验验证的催化元件数据库对于设计和优化生命系统至关重要。而现有的生物元件库缺乏底盘、催化反应最佳pH和温度等对合成过程较为重要的信息。该 ………………………………