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Xenium是由 10x Genomics 推出的一种空间转录组学技术，能够在单细胞分辨率的基础上，精确地检测和定位组织切片中的基因表达情况。这项技术结合了分子检测与空间定位的优势，为研究细胞在组织中的位置及其功能关系提供了重要工具。上期推文【 跟着Seurat官网学Xenium空转分析 】介绍了Xenium的Seurat分析流程，本期推文介绍一下Xenium的Python流程。这里推荐使用Squidpy进行分析，官网教程见https://squidpy.readthedocs.io/en/stable/notebooks/tutorials/tutorial_xenium.html 首先是环境部署： mamba create -n squid python=3.10 conda activate squid pip install squidpy -i https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple ## 其他安装方式 #mamba install -c conda-forge squidpy #pip install 'squidpy[interactive]' #pip install git+https://github.com/scverse/squidpy@main 如果需要衔接 Jupyter notebook 使用的话，需要在 squid 这个环境里安装以下几个插件，
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