如何查找互作蛋白？

主要观点总结

文章介绍了5个查找互作蛋白的数据库：STRING、BioGRID、GeneMANIA、plant.MAP和HitPredict，并详细描述了每个数据库的使用方法。这些工具对于组学研究具有重要的辅助作用。

关键观点总结

关键观点1: STRING数据库

一个经典的蛋白互作网络构建数据库，提供了多种检索方式，能够查询蛋白之间的互作关系，并可以生成网络图。

关键观点2: BioGRID数据库

主要提供蛋白、遗传和化学互作的综合数据，数据来源于文献支持，可以查询蛋白互作关系和翻译后修饰等。

关键观点3: GeneMANIA数据库

用于基因互作与功能预测的探索，收录了大量数据集，可以分析基因列表并进行功能预测，生成PPI网络图。

关键观点4: plant.MAP数据库

专注于植物蛋白互作和功能的研究，收集了蛋白质复合物信息，包括实验验证和预测模型数据。

关键观点5: HitPredict数据库

一个综合资源网站，收集来自多个数据库的实验确定的蛋白质相互作用和可靠性评分，支持多种物种的查询。

文章预览

PPI分析也是各大组学研究的必备重点内容，那么如何查找互作蛋白呢？今天为大家分享5个好用的互作蛋白查询和预测数据库，可按需使用！ 1.STRING 经典蛋白互作网络构建综合数据库，科研必备，当前版本12.0（持续更新），收录了来自 12535 个生物体的59309604个蛋白信息，点击SEARCH即可开始检索。 数据库链接： https://cn.string-db.org/ STRING支持8大检索方式： 1) Protein by name： 通过名称检索单一蛋白，查找与之互作的蛋白，绘制预测网络图。 2) Multiple proteins： 通过名称或上传文件来检索多个蛋白，查找他们之间的互作关系。 3) Proteins by sequences： 通过序列查找单一/多种蛋白。 4) Proteins with Values/Ranks： 以带有附加值（如Fold change、p value以及丰度等）的蛋白质列表的形式或直接上传文件进行富集分析及网络图绘制。 5) Protein families(“COGs”)： 以COG蛋白质家族 ………………………………