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单细胞转录组测序通过研究单个细胞中的基因表达状态，可以克服群体转录组测序带来的细胞间异质性挑战，从而更好的探索早期胚胎发育、组织和器官形成、分子免疫机制、肿瘤发生和耐药分子机理等。单细胞测序特殊文库结构和研究目的，使得其数据分析流程与Bulk RNA-seq不同。 单细胞测序建库过程中会添加Barcode和UMI序列，Barcode序列可以确定序列的细胞来源，UMI序列可以将来自同一转录本的PCR扩增序列进行合并。因此，分析流程中首先需要对所有序列进行Barcode和UMI注释，同时去除非目标序列。 图1. 单细胞测序文库结构示例 接下来，需要将有效序列比对到参考基因组和转录本，同时合并来自同一UMI的序列，计算基因在不同细胞中的表达量。 图2. 序列比对和UMI合并 获得基因在不同细胞表达量矩阵后，需要对该矩阵进行质控，去除空载或多载的 ………………………………