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R语言画好看的聚类树

医学和生信笔记  · 公众号  ·  · 2024-09-30 08:02

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本次例子用到的R包主要有 TreeAndLeaf 、 RedeR 、 igraph 、 RColorBrewer ,示例数据来自于R flexclust 包的 nutrient 数据。 加载数据和R包 library (TreeAndLeaf) library (RedeR) library (igraph) library (RColorBrewer) data(nutrient, package = "flexclust" ) # 加载数据 对数据进行简单的查看和处理 head(nutrient) # 简单看一下数据 energy protein fat calcium iron beef braised 340 20 28 9 2.6 hamburger 245 21 17 9 2.7 beef roast 420 15 39 7 2.0 beef steak 375 19 32 9 2.6 beef canned 180 22 10 17 3.7 chicken broiled 115 20 3 8 1.4 row.names(nutrient) < - tolower(row.names(nutrient)) # 把行名变成小写 聚类分析 hc < - hclust(dist(nutrient)) 画图 tal < - treeAndLeaf(hc) # 转化为树和叶的形式,其实是转化为igraph对象 rdp < - Red ………………………………

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