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肿瘤单基因研究的若干问题之三:目的基因的筛选2.0

单细胞天地  · 公众号  ·  · 2024-10-21 19:00
    

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前言 Hello小伙伴们大家好! 今天我们继续谈目的基因筛选的话题。转录组测序数据分析的本质是什么?个人认为就是筛选。通过各种方法找到核心基因,把基因筛少,最好是筛到只剩一个。但是我们经常会遇到这样的窘境,就是筛到的基因太多,不知道应该怎么继续缩小范围,应该研究哪个基因。 今天我们就一起来探讨这个话题。个人认为,筛选目的基因可以采取以下方法: 1.阈值调整变严格 筛选的基因过多,我们首先可以从筛选阈值上进行调整。 在前期推文 “测序数据差异分析没有差异基因?”中 我们提到:大多数文章对差异基因的筛选标准是:“| log2 fold change |>1, FDR < 0.05”(图1),其中logFC=log2(treatGeneMeans/实验组基因表达平均值)-log2(conGeneMeans/d对照组基因表达平均值)( https://mp.weixin.qq.com/s/FjG7AjPjn_Vrgk9CV7lmuA )。筛选到的基因太多,我们 ………………………………

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