手把手教学｜使用CB-DOCK2进行分子对接

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嗨喽，小伙伴们大家好，很高兴又和大家见面了！今天为大家带来一款研究蛋白和小分子相互作用的利器——CB-DOCK2（网址：https://cadd.labshare.cn/cb-dock2/php/index.php）。 在进行网络药理学的研究或者研究代谢物与靶蛋白关系的研究中，大家一定想知道小分子和蛋白之间是否存在相互作用以及相互作用模式是什么，让我们一起走进今天的课堂，学习一下这个对小白非常友好的分子对接利器——CB-DOCk2。 1.获取小分子和蛋白结构文件。 小分子的sdf格式结构文件通常从Pubchem官网中获得（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/），以槲皮素（quercetin）为例，在搜索框中输入“quercetin”，点击弹出的第一个选项，点击“Download”下载SDF格式文件到工作目录。蛋白的pdb格式结构文件可以从Uniprot官网中获得（https://www.uniprot.org/uniprotkb?query=IL6），以人的白细胞介素6（IL6）为例， ………………………………