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5+差异+机器学习+单细胞+实验验证,超实用的万能模板 !生信小白也适合学习!

生信分析手册  · 公众号  ·  · 2024-07-26 18:06

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“ TIPARP as a prognostic biomarker and potential immunotherapeutic target in male papillary thyroid carcinoma”,这篇文章发表在 Cancer Cell Int 期刊上,影响因子为5.3。 结果: 1.356 个特异性差异表达基因 作者分析了 7 个 GEO 数据集和 TCGA-THCA,使用GSE60542进行验证。在 7 个数据集中,有 245 个样本缺乏性别注释并被预测(massiR 包),给出 365 个女性样本和 159 个男性样本(补充表 1)。逐步方法确定了与甲状腺状癌 (PTC) 淋巴结转移 (LNM) 相关的男性特异性差异表达基因 (msDEGs)。 在 7 个 GEO 数据集中,在男性肿瘤和正常组织之间发现了 1860 msDEGs。TCGA-THCA在雄性和雌性分别从5856个和3342个DEG中产生2890个msDEGs。通过将 GEO 和 TCGA 结果相交,总共 383 个 msDEG(213 个上调,143 个下调)仍然存在。GO 和 KEGG 通路富集分析注释了 383 个 msDEG。排 ………………………………

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