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单细胞转录组代码(2)细胞质控、找高变基因

生信菜鸟团  · 公众号  · 生物  · 2024-09-30 18:07
    

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学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 本文学习单细胞转录组分析过程中,对细胞的质控有哪些要求,找高变基因的代码 三、质控 不是每一个细胞都有研究的价值,如果细胞活性不好,或者某些基因只在极个别的细胞内表达而大多数细胞里没有,这样的细胞和基因没有研究的价值 1.对细胞进行质控的指标要求 ①线粒体基因含量不能过高 大多数的基因在细胞核里表达,如果细胞核里表达的基因数量没有达到绝对的优势,就说明这个细胞的状态(活性)不好。换句话说,线粒体基因含量过高,说明细胞核的基因所占比例过少,过少的原因就是细胞活性差。线粒体含量的比例,需要自行计算 ②nFeature_RNA 不能过高或过低,即不能是离群值 如图13,白底部分为表达矩阵,nFeature和nCount都是细胞的指标 nFeature_RNA 是每个细胞中检测到的基因数量; nCount_ ………………………………

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