QTLseq数据分析，鼠标点点，复现 Nature Plant 番茄论文结果

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写在前面 快一年了，写了重测序三兄弟插件，几乎所有用户都可以用 TBtools 轻松完成 BSAseq 数据分析。当然，我自己基本也没怎么折腾过，毕竟当时只是为了上个课。前几天将家人送回老家后，开始进入浑浑噩噩的状态。大体是每天也不知道干啥或者不干啥，尽管确实也在干活。索性，就还是简单整理一下一些插件功能，也再测试测试看看。于是决定，干脆先重现一下一些论文分析结果。比如这篇 Nature Plant 论文，定位了番茄分支数目的决定位点论文（分支越多，果实越多嘛，很好理解）。 于是下载了数据 SRR8307487 suppressed_A SRR8307489 branched_A 于是我下载了基因组和测序数据 看起来不错，数据挺大的。可以开干，整体步骤如下： 读段回帖 比对结果排序 标记PCR重复 1.读段回帖 首先，需要测序得到的reads比对到基因组上，使用 TBtools 的 「BWA-mem2 插 ………………………………