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胚胎发育过程中，具有全能性的受精卵迅速分裂和分化为众多细胞谱系并形成各个组织和器官，伴随着细胞内染色质结构的生物化学和结构以及基因表达的高度动态变化 1,2 。解析这一过程中不同细胞类型的发育路径以及决定不同细胞命运的分子调控机制，一直以来是发育生物学中非常重要的研究内容。单细胞表观基因组学和转录组学测序技术通过在单细胞分辨率下全面地描绘胚胎发育过程中细胞谱系的多样性以及基因表达的动态调控 3-5 ，极大地改变了人们研究胚胎发育的范式。 斑马鱼（ Danio rerio ）与人类在基因上有着高度同源性，是一种优良的研究胚胎发育的模式脊椎动物6。在过去十年中，许多研究团队绘制了大量的斑马鱼胚胎发育各个阶段的表观基因组和转录组图谱。DANIO-CODE等项目基于这些图谱全面地注释在斑马鱼胚胎发育过程中发挥功
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