Nat. Commun. | 通过异质图学习从空间解析的转录组数据剖析肿瘤微环境

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DRUG AI 今天为大家介绍的是来自Luonan Chen团队的一篇论文。空间解析转录组学（SRT）通过分析肿瘤微环境（TME）的细胞内分子网络和细胞间通讯（CCC），实现了对TME的精确剖析。然而，缺乏对细胞、基因和组织区域之间复杂关系的计算探索，极大地限制了对TME复杂结构的解释能力。为此，作者引入了一种异质图（HG）学习方法stKeep，它整合了多模态和基因-基因相互作用，以从SRT数据中解读TME。stKeep利用HG通过结合基因、细胞和组织区域等多种节点特征来学习细胞模块和基因模块，分别识别TME内的细胞状态及其特定的基因-基因关系。此外，stKeep还通过HG推断每个细胞的CCC，并通过对比学习确保不同细胞状态下的CCC模式具有可比性。在各种癌症样本中，stKeep在解析TME方面表现优于其他工具，如检测双能基础细胞群、肿瘤性肌上皮细胞和分布在肿瘤或前沿 ………………………………