单细胞亚群取子集后的细分亚群再命名的两个难题

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前面我们拿b细胞作为案例演示了 每个单细胞亚群取子集后继续降维聚类分群标准操作 ，只需要合理的命名后就看不同亚群的比例，针对这个细分后的结果进行拟时序分析，转录因子分析等等。这些分析都是在任意单细胞亚群是通用的代码。 但是，问题就出在了合理的命名！通常我们拿到了肿瘤相关的单细胞转录组的表达量矩阵后的第一层次降维聚类分群通常是： immune (CD45+,PTPRC), epithelial/cancer (EpCAM+,EPCAM), stromal (CD10+,MME,fibro or CD31+,PECAM1,endo) 参考我前面介绍过 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则 ，这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境的复杂。绝大部分文章都是抓住免疫细胞亚群进行细分，包括淋巴系（T,B,NK细胞）和髓系（单核，树突，巨噬，粒细胞）的两大类作为第二次细分亚群。但是也有不少文章是抓住stromal 里面的 fibro 和 ………………………………