重复不出来并不是因为没有做单细胞样品整合

文章预览

前些天看到了《单细胞天地》公众号分享了一个单细胞转录组数据分析的文章，详见：《 新鲜出炉IF10+ 文献教你单细胞多组学分析中的多样本去批次如何操作 》，里面提到了胶质母细胞瘤（GBM）细胞本身具有高度异质性，作者认为这是由于生物学差异导致的，所以保留了这里GBM亚群间的差异，并没有进行去批次分析。 也就是说，读取多个样品的表达量矩阵文件之后，研究者们并没有进行harmony这样的处理。这个其实回答了很多做肿瘤单细胞数据分析小伙伴的第一个疑问，就是去除批次效应的这个操作的取舍。 其实就不应该是叫做去除批次效应，应该是改名为，多样品整合操作。比如上面的《 新鲜出炉IF10+ 文献教你单细胞多组学分析中的多样本去批次如何操作 》，里面的表达量矩阵是公开的，我们可以重新处理它， 然后进行了多样品整合操作会 ………………………………