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前些天提过,近日文章发表了,再看一下。 下图是这类idea的来源及演化过程。 从大的方面讲这是一个fast-follow项目,主要工作是基于已知分子替换其一处比较关键的基团。 首先通过分子生成工具REINVENT的LibInvent模块生成两万多个分子,之后通过HBD数目、预测的logD及ROCS score等各种filters过滤,之后进行docking,再之后目视检测、人工挑选出一些分子做FEP计算,之后挑了两三个分子做合成。 找到一个六元内酰胺hit,然后在其基础上修饰改造,idea经过docking及FEP评估之后去做合成。 找到更优的六元环carbamate系列,同样的在其基础上进一步改造修饰,经docking及FEP评估后合成。此外对部分分子做了REST-MD,来评估小分子构象分布。 下面分子NX-1607就是参考分子,想要替换的就是标红的文章称为TEG的部分。其TR-FRET活性为8-9 nM。 当苯并内酰胺的core替换为分子1的
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