是否需要抹除细胞周期对单细胞降维聚类分群的影响呢

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前面的第一层次降维聚类分群，我们单独命名了一个细胞增殖亚群，如果看它的top10的特异性基因，是可以比较清晰的看到我们的定义的cycle细胞亚群主要是t细胞和b细胞的混合体，也是蛮奇怪的， 我处理很多其它癌症的单细胞转录组数据集经常是肯定肿瘤细胞会有恶性增殖的现象，这个数据集居然是一个例外。 然后，文献附件里面单独探讨了是否需要抹除细胞周期对单细胞降维聚类分群的影响，主要是做了 cell cycle regression 前后的PCA图，它给出来的图如下所示： 但是我怀疑作者的图表可能有点问题，因为做了 cell cycle regression 前后的降维聚类分群tSNE图几乎是一模一样，也是太巧合了吧！ 因为做了 cell cycle regression 并不影响聚类分群，所以作者最后的选择是不需要做 cell cycle regression ，如下所示： 实战一下 前面针对这个这个胃癌单细胞数据集GSE1635 ………………………………