单细胞转录组：手动/自动注释细胞亚群

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学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 本文以GSE218208为例跑单细胞转录组全流程，在后半段将涉及手动/自动注释细胞亚群的方法，以及简单介绍找注释的三个平台 一、了解数据 先在网页中看一下数据的大致情况 图1 该系列使用了几种不同的技术手段，我们选择的例子即用10X测得的 图2 如果直接从GSE218208的Series Matrix File点进去会发现，只有一个2.4k大小的文件 图3 这其实是它的临床信息表格 图4 它的表达矩阵其实在这（单细胞/转录组），它不同于本系列 单细胞转录组代码（1）了解数据、读取数据 一文标准流程中的由3个文件组成的表达矩阵，而是经过作者处理的，没有关系，照样可以使用 图5 二、代码实操 0.读取文件 rm(list = ls()) a = data.table::fread( "GSM6736629_10x-PBMC-1_ds0.1974_CountMatrix.tsv.gz" ,data.table = F) #data.table = F如果不加这个参数，会有一 ………………………………