生存分析代码（2）KM-plot、log-rank test、批量单因素cox

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学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 本文学习生存分析代码，KM-plot可视化、log-rank test得到p值、批量单因素cox得到HR值，本篇代码几乎不用改动 1.准备输入数据 rm(list = ls()) proj =  "TCGA-KIRC" load(paste0(proj, "_sur_model.Rdata" )) ls() exprSet[1:4,1:4] str(meta) 2.KM-plot # 简单版本和进阶版本 library(survival) library(survminer) sfit  < - survfit(Surv(time, event)~gender, data=meta) ggsurvplot(sfit,pval=TRUE) ggsurvplot(sfit,            palette =  "jco" ,            risk.table =TRUE,            pval =TRUE,            conf.int =TRUE) 注意上面代码中的gender，这个位置必须是非连续型的比如stage，而不能是连续型的age否则如图1所示 图1 实在想用age这种连续型信息，该怎么作KM分析？例如年龄、基因？那就以某个值为依据，划分为两组 连续型数据的离散化 # 年龄 group = ifelse(meta $a ………………………………