影响实验精确度的RNA分析套路及优化

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RNA测序分析有万般套路，比如 tophat+cuffLinks，star+htseq+deseq2，hisat2+stringtie 等等，但是对于这些组合得到的结果哪个更可靠，恐怕我们没有足够的精力和技术去深入研究。但是在今年七月份，一群美国人在Nature Communications上发表一篇足够有分量的文章，在精确度、效率和一致性三个层次上评估了当前主流的39个工具的120个组合，并选出了最优的工具套装。这篇文章名为《Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis》，下面就由小编来为大家解读下文章里关于short-read(二代测序结果)有参比对部分的内容。 1 分析样本，如下表格所示，一共有15个样本，其中short-read测序样本12个，有100bp和300bp两种测序结果。 2 作者使用不同的软件 ………………………………