Nat Commun | 于吉洋课题组开发新的单细胞转录组数据标准化和混合样本细胞类型反卷积算法

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2025年2月1日，美国圣裘德儿童研究医院 (St. Jude Children’s Research Hospital) 于吉洋 课题组在 Nature Communications 上发表了文章 Transcriptome size matters for single-cell RNA-seq normalization and bulk deconvolution , 开发了一种新的细胞类型反卷积 （cell type deconvolution） 模型—— ReDeconv 。 ReDeconv提出了一种创新的方法，用于标准化scRNA-seq data (单细胞RNA测序数据) ，及拥有bulk RNA-seq data (整体RNA测序数据) 的混合样本的细胞类型反卷积 （图1） 。细胞类型反卷积的基本思路是：从scRNA-seq data，可以得知不同细胞类型的expression profile (表达谱) 。如果有一个混合样本的expression profile，就可以用各种细胞类型的expression profile去估算混合样本中每一种细胞类型的百分比。 ReDeconv的重要贡献在于，它能够解决scRNA-seq data标准化和bulk RNA-seq data反卷积中的关键问题 。 图1:   ReDeconv框架的 ………………………………