Pandora-seq测序，打开小RNA世界的潘多拉魔盒

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点击 蓝字 关注我们 非编码小RNA （small non-coding RNAs, sncRNAs） ：一大类长度小于50nt且具有细胞调节功能的RNA的统称，在复制、转录和转录后调节因子以及染色质修饰复合物的向导方面发挥了关键作用，包含miRNA、tsRNA 、rsRNA、piRNA等。 传统的 small RNA-seq测序方法，文库构建是基于小RNA的 3’和 5’末端添加接头进行反转录。该方法对许多具有5’-P和3’-OH的小RNA种类有效，例如miRNAs。然而，遇到携带特定 RNA 修饰（modifications）的小RNA时，这种方法存在固有问题,如3’末端修饰会阻碍（block）接头连接、RNA甲基化则会干扰反转录，无法检测到含有特殊修饰的小RNA。 Pandora-seq (panoramic RNA display by overcoming RNA modification aborted sequencing) : 通过对15-50nt区段的小RNA进行酶学处理（AlkB和T4PNK酶），去除影响测序的修饰（如m1G, m1A, m3C和m22G) ，能够完整地呈现包括tsRNA/rsRNA ………………………………