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单细胞测序—比较两个Seurat分析结果中细胞簇和细胞类型的对应关系 如果一个数据集我们采用了两种方法对其进行了分析，可采用如下方法比较两个Seurat分析结果中细胞簇和细胞类型的对应关系。 分析结果1 采用标准流程得到的Seurat对象 load(file = 'phe-by-basic-seurat.Rdata' ) phe_basic=phe 分析结果2 将矩阵中，表达量非0则定为1 （没有背后的生物学意义，只是为了演示） rm(list=ls()) library (Seurat) pbmc.data "./filtered_gene_bc_matrices/hg19/") pbmc "pbmc3k", min.cells = 3 , min.features = 200 ) ct=pbmc@assays$RNA$counts ct #表达量非零则赋值为1 ct[ct> 0 ]= 1 ct tmp 1: 10 ]) #与step1中代码基本一致 pbmc@assays$RNA$counts=ct pbmc "LogNormalize", scale.factor = 10000 ) pbmc ## Identify the 2000 most highly variable genes pbmc "vst"
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