跟着Seurat官网学Visium HD空转分析（一）标准分析流程

文章预览

各位小伙伴，好久不见！最近我忙完了博士毕业相关的事，离开武汉刚回到杭州，六年的硕博生活终于结束啦！还在坑里的朋友们要坚持住！ Visium HD在国内已发售近半年了 ，全球首篇HD文章也已预印，题为《Characterization of immune cell populations in the tumor microenvironment of colorectal cancer using high definition spatial profiling》，小伙伴们开始上手HD实战了吗？三月底的时候我测试了10X官网发布的示例数据【 全网首发 | Visium HD空转数据开箱测试 】，那会Seurat并不兼容HD分析。而在五月份的时候，Seurat针对HD进行了更新，并在官网发布了一个分析教程，详见https://satijalab.org/seurat/articles/visiumhd_analysis_vignette： image-20240725161451230 这里Seurat官网再次强调8 um分辨率的HD数据是比较适合进行下游分析的，但Seurat支持同时加载不同bin的数据，并将它们存储在一个Seurat对象中作为多 ………………………………