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跟着Seurat官网学Visium HD空转分析(一)标准分析流程

生信随笔  · 公众号  ·  · 2024-07-27 08:47

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各位小伙伴,好久不见!最近我忙完了博士毕业相关的事,离开武汉刚回到杭州,六年的硕博生活终于结束啦!还在坑里的朋友们要坚持住! Visium HD在国内已发售近半年了 ,全球首篇HD文章也已预印,题为《Characterization of immune cell populations in the tumor microenvironment of colorectal cancer using high definition spatial profiling》,小伙伴们开始上手HD实战了吗?三月底的时候我测试了10X官网发布的示例数据【 全网首发 | Visium HD空转数据开箱测试 】,那会Seurat并不兼容HD分析。而在五月份的时候,Seurat针对HD进行了更新,并在官网发布了一个分析教程,详见https://satijalab.org/seurat/articles/visiumhd_analysis_vignette: image-20240725161451230 这里Seurat官网再次强调8 um分辨率的HD数据是比较适合进行下游分析的,但Seurat支持同时加载不同bin的数据,并将它们存储在一个Seurat对象中作为多 ………………………………

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