g_mmpbsa之参数注释

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MM/PBSA方法是一个非常有用的针对大分子特别是蛋白配体测亲和力很有用的方法。 g_mmpbsa是一个针对GROMACS程序使用的MM/PBSA方法，最近在群里讨论非常多，最近一个膜蛋白体系使用该方法做出的结果发现一些问题，最近在找问题，所以先把g_mmpbsa的参数进行了研读，在这里分享给大家。 极性溶剂化能(Polar Solvation Energy)输入关键字 polar polar             = yes 是否计算极性溶剂化能，如果不需要进行极性计算，值可以变为 no cfac cfac               = 2 扩大 分子尺寸来获得粗糙的格点尺寸的因子.如果是非常简单的边界条件或者非常高的带电分子，那么值需要增加。APBS程序中默认值为 1.7 fadd fadd               = 20 增加 分子尺寸的数值(埃级别)来获得精确的格点尺 ………………………………