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pyEGA3 — EGA数据下载

生信菜鸟团  · 公众号  · 生物  · 2024-10-15 19:32

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工欲善其事必先利其器 pyEGA3 pyEGA3 是一个用来从欧洲基因组-表型档案( EGA , European Genome-phenome Archive )下载受控访问数据的 Python 工具。它能够帮助科研人员通过 API 与 EGA 数据库交互,下载基因组学和表型数据。并具有以下几个关键功能: 文件通过安全的 https 连接传输,并且未加密接收,因此下载后无需解密。 如果连接中断,下载将从上次中断的位置继续。 pyEGA3 支持文件分段和段的并行下载,从而提高整体性能。 下载完成后,将使用校验和验证文件完整性。 pyEGA3 实现了符合 GA4GH 标准的 htsget 协议,用于下载数据文件的基因组范围以及随附的索引文件。 GItHub: https://github.com/EGA-archive/ega-download-client 主要编程语言: Python EGA EGA 是一个专门用于存储和共享基因组学和表型数据的数据库。EGA 由欧洲生物信息研究所(EBI)和巴塞罗那基因组调控中 ………………………………

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