J. Cheminform. | 用最短哈密顿环度量分子多样性

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DRUG AI 今天为大家介绍的是来自清华大学的张颢团队的一篇论文。近年来，分子生成算法在药物设计中的应用迅速发展，而分子多样性是分子生成算法性能的一个重要方面。然而，现有的指标，例如richness和internal diversity，无法有效地度量分子多样性，因为它们无法同时反映分子多样性的两个方面：分子数量和分子不相似性。针对这一挑战，作者提出了Hamiltonian diversity（哈密顿多样性），定义为分子集合中的最短哈密顿环。这种新指标从理论上同时反映了分子多样性的两个方面。作者提供了Hamiltonian diversity的高效Python实现，并且展示了它与真实世界分子多样性的高度一致性和它在分子生成算法设计中的应用潜力。 药物研发是一个多阶段的“漏斗式”筛选过程，因此药学家们期望在上游的药物分子设计阶段得到尽可能多样的候选分子集合，从而提高 ………………………………