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scRNA复现|所见即所得,和Cell学umap,plot1cell完成惊艳的细胞注释umap图

生信补给站  · 公众号  ·  · 2024-10-17 18:00
    

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单细胞常见的可视化方式有DimPlot,FeaturePlot ,DotPlot ,VlnPlot 和 DoHeatmap集中 ,在Seurat中均可以实现,但文献中的图大多会精美很多。之前 scRNA分析 | 定制 美化FeaturePlot 图,你需要的都在这 介绍了FeaturePlot的美化方式。在 跟SCI学umap图| ggplot2 绘制umap图,坐标位置 ,颜色 ,大小还不是你说了算  介绍过DimPlot的一些调整方法,本次再介绍一种更惊艳的umap图。 2022年发表于Cell Metabolism 的Mapping the single-cell transcriptomic response of murine diabetic kidney disease to therapies 文献中有一张主图中绘制的细胞大群及亚群的umap图很惊艳,作者提供了plot1cell 包,本文介绍一下如何复现下图。 一  载入R包,数据   使用之前注释过的sce.anno.RData数据 ,后台回复 anno 即可获取 。这里要下载一下 plot1cell图,大概率会提示缺少XXX包,这时候只要指定安装即可。 devtools::install_github( ………………………………

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