增强子研究-STARR-seq相关技术

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前面我们介绍过 增强子 和 超级增强子 的相关知识，本期来说说增强子研究的一种技术， STARR-seq ！ STARR-seq技术 是由Alexander Stark团队(文章末尾附有实验室信息)于2013年开发的一种用于大规模，批量检测增强子活性的测序技术。具体来说， 自转录活性调节区测序 (self-transcribing-active-regulatory-region-sequencing， STARR-seq) 是一种大规模并行报告基因检测，可根据转录增强子在整个基因组中的活性直接识别转录增强子并定量评估其活性 (Arnold 2013)。增强子活性与底层DNA序列直接相关，通过深度测序测量细胞RNA中产生的报告基因转录本的存在。 STARR-seq与STAP-seq互补：STAP-seq使用单个确定的增强子测量核心启动子活性，而STARR-seq使用单个确定的核心启动子测量增强子活性。 通常来说，ATAC-seq+ChIP-seq用于挖掘增强子；STARR-seq， 荧光素酶 实验或增强子Lac染色用于 增 ………………………………