专栏名称: 生信分析手册
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4+代谢相关+分型+WGCNA+实验,助力发文的巧妙思路,值得借鉴~

生信分析手册  · 公众号  ·  · 2024-08-16 18:08

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“ Molecular subtype construction and prognosis model for stomach adenocarcinoma characterized by metabolism-related genes”,这篇文章发表在 Heliyon 期刊上,影响因子为4。 结果: 在胃癌中鉴定出了两种与代谢相关的分子亚型 首先,作者使用limma软件包在TCGA-STAD数据集中筛选出STAD和癌旁组织之间的差异表达基因(DEGs),共找到7373个DEGs。接下来,作者使用单变量Cox分析确定了113个与预后相关的代谢基因。在这两类基因的交集中,作者获得了47个与代谢相关的差异表达基因(MRDEGs)(图1A)。通过参考累积密度函数(CDF)(图S1),作者确定了基于这47个MRDEGs的2个聚类(C1和C2)(图1B和C),并应用于GSE66229数据集和TCGA-STAD数据集中的所有样本。KM生存曲线显示,在TCGA-STAD数据集和GSE66229数据集中,C1样本的生存时间比C2样本更长(图1D和E) ………………………………

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