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导语 今天给同学们分享一篇生信文章“Leveraging a cuproptosis-based signature to predict the prognosis and drug sensitivity of cutaneous melanoma”,这篇文章发表在J Transl Med期刊上,影响因子为7.4。 CM中与铜死亡相关基因的遗传特征和转录变化 TCGA和GEO数据集的数据处理,以及从GEO数据集中合并和去除批次效应的操作,均按照作者之前的研究所描述的进行(10.1111/cas.15499,附加文件1:图S1)。首先,作者使用TCGA-SKCM数据集分析了469例CM患者的体细胞突变和CNV情况(图1A)。在467个CM样本中,有439个样本(94%)发现了体细胞突变或CNV。接下来,作者分析了来自CM患者的10个CRG的体细胞突变和CNV模式(图1B)。在467个CM样本中,有162个样本(34.69%)的CRG发现了体细胞突变或CNV,这些变异主要是由染色体缺失引起的。染色体缺失主要出现在CDKN2A、DLAT和FDX1基因中,其中CDKN2A基因主
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